Zuerst einmal soll die Rede von Vater und Sohn sagen: Der Sohn ist kein Geschöpf des Vaters wie die Welt und die in ihr lebenden Menschen, sondern er ist vom Vater gezeugt. Er teilt dadurch mit dem Vater dieselbe (göttliche) substantia, also: Vater und Sohn sind wesenseins. Allgemeiner: Es gibt nur einen Gott.
Dann kommt natürlich noch hinzu, dass sich Vater und Sohn recht nahe stehen, sprich: sich gegenseitig lieben. Die Wahl der Begriffe "Vater" und "Sohn" sind, soweit ich es verstanden habe, eine Hilfe, um diese enge Verbindung darzustellen, die eben keine Reduktion auf eine sexuell-biologische (wie bei Mann und Frau) oder funktionale (wie bei Freund und Freund oder bei Anbieter und Kunde) Deutung zuläßt.